面白い着眼点ですね。
似たような例ですと、JR線で
中野→本八幡      IC523円
中野→下総中山  IC479円
もありますよね。

これは複雑な制度ではなく、最も安い運賃の経路を自動的に瞬時に器械が判断するということで各社が合意した結果ですね。こういう矛盾は都会ならどこででも起きます。

ICカードで中野から津田沼の直通電車の乗車したらメトロ＋JRの運賃では、なくJR線の運賃と計算されるのでご注意下さい

こういう例があるから、東京臨海高速鉄道新木場でレールが繋がっているのに、直通運転がないとかできるのですよね。

ヒカリエ号に乗れたのすごいラッキーですね！17000系も前面が可愛くて遭遇したら嬉しいです

もしこの矛盾を本格的に解決するとなると、例えば中目黒駅を境界として中目黒～渋谷をメトロ線内の運賃体系に組み込むとか、
首都圏前線の運賃体系を統一するというのがあるんでしょうけど、これをやりたがるか？と思うとまずないでしょうし…

PASMOで半蔵門線でそのまま乗ると押上〜北千住も東京メトロ、日比谷線、千代田線扱いになるから安くなる！
昔は東西線、中野〜西船橋も東京メトロ扱いになって半額位になったけど、西船橋駅に改札出来たから出来んくなった😅

中目黒は構造上そうなるんですよね。中目黒→新宿も今までメジャーだった渋谷JR乗り換えより新宿三丁目→丸の内線新宿の方が乗り換え楽かつ安くなってます。
あと似たようなところだと半蔵門線押上→北千住間も乗車区間は東武だけども半蔵門線押上手前から乗ると運賃はメトロの分しか請求されないようになってます。

中野から北千住も同じ現象です。メトロが最安　ICカードで最短ルートで計算される為です。　切符で買うと正規のルートになります。

東京メトロの最安運賃は178円ではなく実は140円...という冗談みたいな例もある（渋谷-表参道-霞ケ関-中目黒)

距離だけ気にしていると永遠に分からない事案ですね。

ちなみに東京メトロ24時間券で中目黒〜渋谷間の東横線や押上〜北千住間の東武線などに乗ると不正乗車になるはずです。

地元民ですが、雨で自転車乗れない日は
広尾 - 渋谷or表参道の移動は恵比寿経由ではなく中目黒経由で行ってますね。
六本木 - 表参道の移動も青山一丁目経由のほうが早いんでしょうが、中目黒経由で行ってます（場所次第でちぃバスを使うか乃木坂まで歩く）
六本木 - 渋谷の移動は都営バスを使います。

羽沢横浜国大→南千住／三ノ輪　決して改札内乗り換え１回（中目黒）で済ませかつ一駅歩こうと思ってはいけない区間…

この価格差は何年も前からですか？

もっとわかりやすくしてほしい。複雑すぎる。

これはかなりありがたい・・・目から鱗すぎる
この辺から東に向かう場合、東急なら代官山、日比谷線なら恵比寿を使うので、中目黒から東急に乗ってメトロ料金で済ませるという発想がなかった
要は終点が東京メトロなら表参道に限らず、代官山より中目黒から乗ったほうが安くなる可能性がある、ということでしょうか？

同じ区間に絞ると南千住～綾瀬区間ですね。
南千住の日比谷線か常磐線の改札で運賃が違いますからね
しかも運行系統のせいで必ず乗り換えが1回発生する区間笑

ＩＣ乗車券のエリア内完結てあれば、乗車駅から下車駅までの最も安い運賃を差っ引く。
というルール。コレにより、東京近郊区間よりも更に多くのルートを使った大回り乗車も出来るんだすよね。
これが、ＪＲ東日本の全エリア統合でどうなるのかは謎ですが。

以前起こった不思議な事。渋谷から銀座線に乗り、溜池山王から南北線で目黒から東急目黒線に直通
大岡山から大井町線で二子玉川に行き田園都市線で渋谷のひとつ手前、池尻大橋で下りてSuicaをタッチ。
折り返しや重複等は無く、１回乗車の要件を満たしているので、改札が算出した運賃に異議が無いならソレでＯＫ
なんだけれど・・・
引かれたのは、田園都市線初乗り運賃である、渋谷から池尻大橋まで１駅田園都市線に乗った場合と同額。
何が不思議って銀座線の渋谷駅での乗り場は、他の路線と改札内で繋がってないので、
銀座線の改札に入れば銀座線に乗るしかないのです。
その時点で池尻大橋までの最短は、表参道から半蔵門線に乗り換え渋谷から田園都市線に乗り入れて池尻大橋。
でも、東京メトロの制度上、渋谷から永田町や赤坂見附までは、半蔵門線も銀座線も同じ路線とされているから
折り返した事になり、この場合の運賃は東京メトロの初乗り２回プラス東急の初乗り１回分。
これが、別路線で渋谷も改札内で繋がっていないから別駅と認められたとしても
東京メトロ分が全く引かれていないのは説明が付かない。
きっと、改札が中で繋がっていないなど関係無しに、同一駅として設定されているのだろうから、
銀座線の改札機でも東急の切符が通る可能性が高い。・・・と思いますが、
ＩＣ乗車券と違って東急の紙の切符で銀座線に乗るのは流石に違反になるから、試せていませんね。